Das Collegium Jenense ist nicht nur der Gründungsort der Jenaer Hochschule, sondern war zwischen 1558 und 1592 auch der Lebensmittelpunkt der Studenten. Mit der Erhebung der Hohen schule zur Universität wurde die Kollegienkirche zum Studentenwohnheim mit 36 Wohnkomplexen umgebaut. Archäologische Funde aus diesen Zimmern vermitteln heute ein lebendiges Bild des studentischen Wohnens und Lebens innerhalb der früheren Klostermauern.
Mit der Wiederherstellung des sakralen Raumes in der Kollegienkirche 1592 wurde die Kirche zum Fest- und Bestattungsplatz der Salana. Die zahlreichen Funde aus den Gräbern von Studenten, akademischen Bürgern, Professoren und ihren Familienangehörigen zeigen auf besondere Weise die Bestattungskultur an der jungen Universität wieder.