Das Stadtmuseum Jena mit seinen wertvollen Beständen zur regionalen Geschichte ist ein Ort für die Auseinandersetzung der Stadtgesellschaft mit sich selbst, es bereichert diesen Diskurs insbesondere um historische Aspekte. Deshalb dokumentieren sowohl die Dauerausstellung als auch die Sonderausstellungen die historische Entwicklung Jenas unter Berücksichtigung der politischen Geschichte, der Geistes-, Sozial-, Kunst- und Kulturgeschichte der Stadt und ihrer Bewohner und nehmen dabei die neuesten wissenschaftlichen Forschungsansätze auf.
Die Ausstellungen der Kunstsammlung zeigen in wechselnder Folge vor allem Präsentationen bildender Kunst. Die Kunstsammlung der Stadt Jena gliedert sich in die Gebiete Malerei, Grafik, Plastik sowie Objektkunst und umfasst knapp 6.000 Werke. Sie verfolgt mit ihrem wechselnden Ausstellungsprogramm eine Tradition, in der Universitätsstadt Gegenwartskunst zu präsentieren und zu diskutieren. Kontinuierlich wird das kunsthistorische Erbe Jenas mit Sonderausstellungen zur Klassischen Moderne zugänglich gemacht. Diese Sonderausstellungen, die ein großes Interesse genießen, orientieren sich an historischen Vorbildern ambitionierter Ausstellungs- und Sammlungstätigkeit der Jenaer Bürgerschaft im beginnenden 20. Jahrhundert.
In Ausstellungen zur internationalen Gegenwartskunst wurden in den vergangenen Jahren neben so bekannten Künstlern wie Joel-Peter Witkin (USA), Per Kirkeby (DK), Sally Mann (USA) oder Markus Lüpertz zahlreiche Ausstellungen mit jungen Künstlern gezeigt.
Begleitend zu den Ausstellungen veröffentlicht die Kunstsammlung Jena regelmäßig Publikationen und bietet den Gästen ein umfassendes Rahmen- und Führungsprogramm.
Das 1669 erbaute ehemalige Wohnhaus Johann Gottlieb Fichtes befindet sich am Rande des historischen Altstadtkerns Unterm Markt 12a. Als Romantikerhaus beherbergt es heute das einzige Museum zur literarischen Frühromantik weltweit.
Jena stellte kurz vor 1800 einen Anziehungspunkt der geistigen Elite in Deutschland dar. Im Umfeld Schillers und Fichtes versammelten sich mit den Gebrüdern Schlegel, Friedrich Schelling und zeitweilig auch Novalis wichtige Programmatiker der neuen geistigen Strömung in Jena. Caroline Schlegel und Sophie Mereau haben maßgeblich zum geistig-intellektuellen Klima beigetragen.
Dieser geistigen Blüte wird auf drei Etagen nachgegangen. Ein Teil der dritten Ausstellungsebene bleibt Wechselausstellungen vorbehalten, die sich mit speziellen Themen aus dem Umfeld der Romantik beschäftigen.